Что делать, если пришло требование из налоговой дать пояснения по расхождениям в декларации по НДС?

Разрыв по НДС - не автоматическое снятие вычета, а сигнал системы АСК НДС-2 о том, что контрагент не отразил в своей декларации операцию, которую вы заявили как покупку с вычетом. Требование нужно отработать: собрать и представить документы, подтверждающие реальность сделки, в течение пяти рабочих дней с даты получения по ТКС - именно получения, которое фиксируется квитанцией о приёме. Само пояснение по НДС нужно направить строго в электронной форме по формату, установленному ФНС, через оператора ЭДО - на бумаге или не по формату оно по закону считается непредставленным, даже если отправлено вовремя, и грозит отдельным штрафом за непредставление пояснений.

В пояснении и приложениях стоит показать полный пакет: договор, счета-фактуры, товарные накладные или УПД, платёжные поручения об оплате, а по возможности - транспортные документы и переписку с поставщиком. Это подтверждает реальность операции и то, что вы проявили осторожность при выборе контрагента: проверяли его по открытым реестрам до заключения договора, а не постфактум.

Сама по себе неисправность контрагента не основание снимать у вас вычет, если сделка реальна и это подтверждено документами. Но если контрагент вообще не отвечает на встречные требования или похож на техническую компанию, инспекция может вызвать вас для личных пояснений или назначить встречную проверку, а по итогу доначислить НДС, если сочтёт, что схема направлена на получение необоснованной налоговой выгоды. Чем подробнее и быстрее вы ответите на первое требование, тем меньше повод для такого развития событий.